2003年7月1日起，欧盟成员国开始实施电子商务增值税的新指令（Directive 2002/38/EC）。这使欧盟成为世界上第一个对电子商务征收增值税的地区，开创了对电子商务征税的先河。
欧盟开征此税的目的并不是为了增加财政收入, 其真正用意在于消除现行增值税体系对欧盟企业的不利影响 。现行增值税制顾此失彼，对非欧盟企业有利，而不利于欧盟企业，削弱了欧盟企业的竞争力。电子商务增值税的开征旨在解决这一问题，规定以商品购买者或劳务接受者的所在地作为电子商务的收入来源地，由收入来源国征税。这样，欧盟企业在欧盟之外取得的电子商务收入就不必缴纳增值税了，而非欧盟企业却要就其在欧盟获取的电子商务收入缴纳增值税。
该指令规定，电子商务增值税的纳税人为在欧盟取得电子商务收入的非欧盟居民企业，课税对象为非欧盟居民企业在欧盟取得的电子商务收入，电子商务收入是指通过因特网、广播、电视所取得的商品销售收入和劳务收入。电子商务增值税征收范围为电子商务领域，具体包括：
1、网站及网站维护服务，程序及设备的远程维护；
2、软件销售及更新（下载）；
3、网上提供图片、文本、信息以及提供数据库服务；
4、网上提供音乐、电影及游戏下载服务；
5、网络远程教育。
该税的税率为统一的比例税率，这与现行增值税税率不同，各成员国各不相同，最高的为瑞典和丹麦的25%，最低为卢森堡的15%。
电子商务增值税的征管方式采取一种类似于代扣代缴的征管制度。规定在欧盟没有设立常设机构但取得电子商务收入的非欧洲企业应向至少一个欧盟成员国注册登记，并按收入来源国的增值税法计算增值税，由注册登记国负责日常的征管，并负责将收到的税款移交给收入来源国。电子商务增值税采用了新的收入来源地判定标准，以商品购买者或劳务接受者的所在地作为电子商务企业的收入来源地，由收入来源国征税。而现行增值税的收入来源地为商品的生产地或劳务的提供地。电子商务增值税采取一种简化的申报方式，纳税人可以通过因特网在线申报税款，而不必通过欧盟的财务公司申报。
欧盟电子商务增值税指令的出台遭到了非欧盟电子商务供应商的强烈反对。质疑的焦点突出体现两方面：一是如何界定所谓的数字服务（digital service），他们认为，如果一种实物产品或服务通过电子中介方式进行就被认为是数字服务，显然是不公平的。同时，一些美国公司抱怨他们不得不同时应付多个欧盟成员国的不同的税务规则，或者在欧盟成员国设立分支机构，这将使他们增加运营成本，处于不利地位 。例如，美国在线-时代华纳集团就把欧洲办事处迁移到了卢森堡，以适应新的增值税指令。
目前世界上有关电子商务税收政策有两种倾向：一种是以美国为代表的免税派，美国是电子商务的发源地，也是电子商务最发达的国家。美国认为对电子商务征税会严重阻碍这种贸易形式的发展，有悖于世界经济一体化的大趋势。另一种是以欧盟为代表的征税派，认为税收应具备法律的确定性，电子商务不应承担额外税收，但也不希望电子商务免除现有税收，电子商务必须履行纳税义务，否则将导致不公平竞争 。应该说，欧盟电子商务新指令的出台，又掀起新一论电子商务税收政策论战的序幕。新指令在捍卫欧盟共同利益的同时，也确实存在不完善的地方，并须面对许多困难。
首先，电子商务具有收入难以确认及难以跟踪的特点。电子商务增值税的征收将主要依赖于非欧盟企业的自觉申报。然而，缺乏必要的、可靠的监督机制势必影响电子商务增值税的严肃性。要顺利实行这一税制，尚存一定的技术问题。作为电子商务凭证的电子发票目前还无法通过电子数据交换系统开具，并且真伪难以确定 。
其次，开征这一税收将大大增加非欧盟纳税人的税务成本。由于电子商务增值税采用的征管模式是注册国按照收入来源国的税法征收管理，当收入来源国和注册国不一致时，非欧洲企业不但要遵守其注册登记国的税法，还要遵守收入来源国的有关税法。如果非欧盟企业在欧盟各成员国都有收入，非欧盟纳税人就必须通晓并遵守欧盟各成员国的税法。如果欧盟各成员国均是某非欧盟纳税人的收入来源国，该公司可能会面临多个国家的税务审计，这也将给纳税人增加巨大的税务成本 。另外，与欧盟纳税人相比较，非欧盟纳税人的税务成本也将大幅度提高。非欧盟纳税人按商品购买者或劳务接受者所在国的税法计征增值税，由其注册登记国负责征管；欧盟企业则由企业所在国按本国税法计税并负责征管。非欧盟企业不享受起征点，而欧盟企业却享受起征点。
最后，欧盟开创了对电子商务征收增值税的先例，可能会引起其他国家的报复或是效仿，从而给世界经济和电子商务的发展带来不利影响。由于电子商务增值税是针对非欧盟企业征收的税收，其他国家出于报复或效仿，可能也将开征专门对欧盟企业征收的类似税收 。当其他国家也开征这一税收时，欧盟企业将会象现在的非欧盟企业一样，其税务成本大幅度增加。并且，欧盟开征此税可能会降低企业利用网络寻找顾客的兴趣，从而抑制电子商务这一新兴产业的发展。
